Prawo do odliczenia podatku naliczonego dotyczy jedynie faktur stwierdzających faktycznie zrealizowany obrót gospodarczy; sama faktura, jako dokument nie tworzy prawa do odliczenia VAT w niej wskazanego. Jedynie gdy nie doszło do oszustwa lub nadużycia raz nabyte prawo do odliczenia, trwa. 

Jeżeli organ podatkowy stwierdzi, że prawo do odliczenia było wykonywane w sposób oszukańczy, jest on uprawniony do wystąpienia, z mocą wsteczną, z wnioskiem o dokonanie zwrotu odliczonych kwot, jeśli w świetle obiektywnych okoliczności zostanie stwierdzone, że nadużyto tego prawa lub że było ono wykonywane w sposób nieuczciwy.

Podatnik może zostać pozbawiony prawa do odliczenia podatku naliczonego od podatku należnego, gdyby organy podatkowe dowiodły na podstawie obiektywnych okoliczności, że wiedział on lub powinien był wiedzieć, że jego dostawca dopuścił się oszukańczego naruszenia przepisów o podatku VAT. Jednakże organy podatkowe nie mogą w sposób generalny wymagać, by podatnik zamierzający skorzystać z prawa do odliczenia VAT w każdym przypadku wnikliwie badał, czy wystawca faktury za towary lub usługi, których odliczenie ma dotyczyć, jest uczciwym podatnikiem czy oszustem podatkowym. Nakładając na podatników takie obowiązki organy podatkowe przerzucałyby na podatników, w sposób sprzeczny ze wskazanymi przepisami, własne zadania w zakresie kontroli.

Stwierdzenie działania podatnika w dobrej wierze wyklucza możliwość pozbawienia go prawa (np. do odliczenia VAT, prawa do zastosowania stawki VAT 0% czy prawa do zwrotu). Dobra wiara chroni, lecz jej brak generuje konsekwencje prawne w postaci pozbawienia podatnika tych uprawnień.

Jeżeli istnieją obiektywne i ewidentne przesłanki, by podejrzewać nieprawidłowości lub naruszenie prawa, przezorny przedsiębiorca powinien, zależnie od okoliczności konkretnego przypadku, "zasięgnąć informacji na temat podmiotu, u którego zamierza nabyć towary lub usługi, w celu upewnienia się co do jego wiarygodności". Podatnik powinien wtedy wskazać, czy i w jaki sposób weryfikował wiarygodność swojego kontrahenta, jakimi instrumentami i działaniami. Ciężar udowodnienia braku należytej staranności należy do organu podatkowego.

Dokonując oceny stopnia staranności, jakiej można racjonalnie wymagać od podatnika, należy mieć również na względzie zasadę proporcjonalności. Organy podatkowe powinny uwzględniać fakt, że zwykłym uczestnikom obrotu gospodarczego nie są dostępne środki dochodzeniowe, rozbudowany aparat śledczy czy narzędzia weryfikacji określonych zdarzeń, jakimi dysponują one same czy organy ścigania. Nie oznacza to, że tylko na organie spoczywa ciężar poszukiwania dowodów. Ciężar ten obarcza również stronę, która w swym dobrze rozumianym interesie, powinna wykazywać dbałość o dostarczenie środków dowodowych.

Organy nie mogą więc z dowodów wyciągać wniosków, które z nich nie wynikają. Muszą też wyjaśnić przyczyny przyjętej oceny w sposób logiczny, zgodny z zasadami wiedzy i doświadczenia życiowego.

Teza, że podatnicy mogą łatwiej niż organ podatkowy odkryć oszustów nie jest poparta żadnymi dowodami i stanowi jedynie próbę przerzucenia odpowiedzialności za cudze zobowiązania na uczciwych podatników. Jednocześnie fizyczne przemieszczenie (dostarczenie) towaru co do zasady wyczerpuje pojęcie dostawy w rozumieniu VAT. Wyjątkiem jest sytuacja gdy na nabywcę nie zostanie przeniesione prawo do rozporządzania towarem jak właściciel, to znaczy gdy jest on w jakiś sposób ograniczony w swobodzie dysponowania towarem. Okoliczność tą winny wykazać organy podatkowe.

Wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego we Wrocławiu z 10 lipca 2018 r., sygn. akt I SA/Wr 351/18.