Wątpliwości powstające w procesie wykładni przepisów prawa podatkowego, których nie da się usunąć z zastosowaniem podstawowych metod wykładni, tj. językowej, systemowej lub celowościowej, uzasadniają odwołanie się do zasady in dubio pro tributario i przyjęcie takiego rozumienia interpretowanego przepisu prawa, które jest korzystne dla podatnika. Za odwołaniem się do zasady in dubio pro tributario przemawia również sytuacja, kiedy podatnik dokonując samoobliczenia podatku, w tym także stosując zwolnienie podatkowe, kierował się aktualną w tym czasie praktyką organów podatkowych oraz orzecznictwem sądów administracyjnych -wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 29 listopada 2017 r., sygn. akt II FSK 3280/15.